スキャナ保存後に原本破棄していい？要件と例外

「この段ボール、もう捨てていいんですか」。経理の担当者からそう聞かれて、その場で答えられない。スキャンすれば紙は捨てられると聞いた気がするけれど、あとで税務調査のときに「原本は」と言われるのが怖い。スキャナ保存は、その「捨てていいか」を決めるための制度です。要件を全部覚える前に、先に決めておきたいことが1つあります。

スキャナ保存は、紙を捨てるための制度

電子帳簿保存法という法律の中には、性質の違う話が3つ入っています。そのうちスキャナ保存は、紙で受け取った領収書や請求書をスキャンしてデータで残し、紙のほうを捨てていいことにする制度です。

そして、これはやらなくても違反になりません。使いたい会社が使う制度で、紙のまま保存し続けるのは、いまでも正しいやり方です。

混ざりやすいのが、メールで届くPDFの請求書のほうです。あちらは「電子取引」と呼ばれていて、こちらは義務です。届いたPDFを印刷して紙で保存する、という置き換えは認められていません。同じ法律の中にありますが、要件も、免除されるルールも別物です。電子取引のほうは電子帳簿保存法の検索要件｜不要な会社と必要な3項目にまとめました。

もう1つ、言葉の区別があります。スキャナ保存では書類が2種類に分かれます。領収書・契約書・請求書・納品書といった、お金が動いた証拠になるものが「重要書類」。見積書や注文書の控えなど、それ自体ではお金が動かないものが「一般書類」です。以下は重要書類を前提に進めます。段ボールに入っているのは、たいていこちらだからです。

捨てたら、やめても戻れない

先に、いちばん重い話をします。紙を捨てたあとは、スキャナ保存をやめると決めても、やめられません。

国税庁の一問一答に、そのままの答えが載っています。

電磁的記録の基となった書類を廃棄している場合は、その取りやめることとした日において保存している電磁的記録を、当該国税関係書類の保存期間が満了するまでそのままスキャナ保存の要件に従って保存することになります

仮に保存時に満たすべき要件を満たしてその電磁的記録の保存を行うことができない場合（中略）であっても、その電磁的記録の保存義務は課せられています（法4③後段）ので、その電磁的記録について、その書類の保存すべき期間が経過する日まで保存しておく必要があります。この場合、その電磁的記録は各税法上の国税関係書類とはみなされませんので注意してください。

国税庁「電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】」（令和8年7月）問63

読み下すと、こうなります。紙を捨ててしまうと、そのデータは書類の保存期間が終わるまで、スキャナ保存の要件どおりに保存し続けなければいけません。しかも要件を保てなくなっても、保存する義務のほうは消えません。ただし、そのデータはもう税法上の書類として扱われないので、仕入税額控除の否認や青色申告の承認取消しの対象になりえます。

ここで効いてくるのは、法律の話ではなく、会社で普通に起きることのほうです。使っていたクラウドサービスが値上がりする。会社が合併して別のシステムに揃えることになる。設定を分かっていた担当者が辞める。紙が残っていれば、どれも「じゃあ紙に戻そう」で済みます。捨てたあとは紙に戻すという選択肢が無くなるので、要件を満たせる別のシステムを探し直すしかなくなります。なお、その担当者が辞めると決まってから実際に使える日数の数え方は属人化した担当者の退職｜引き継ぎ日数の数え方にまとめています。

紙を残すなら、要件を外しても損はしない

逆から見ると、紙を残している間は、かなり気楽だと思います。

スキャナ保存の要件を満たして保存が行われていない電磁的記録については（中略）その電磁的記録は国税関係書類とはみなされないこととなります（法8①）。そのような場合には、スキャナ保存に係る国税関係書類（紙原本）の保存がある場合を除き、仕入税額控除の否認や青色申告の承認の取消しがされる可能性があります。

同 問59（強調は引用者）

「紙原本の保存がある場合を除き」の一言が効いています。要件を外したデータは、スキャナ保存としては認められません。ただ、失うのはそこまでで、紙が残っていれば保存の義務は紙のほうで果たされています。

誤解しないでいただきたいのですが、これは「要件は守らなくていい」という意味ではありません。要件を落としたときに何を失うかが、紙を残しているかどうかで丸ごと変わる、という意味です。紙があるうちの失敗は、スキャンが無駄になるだけで済みます。紙が無いときの失敗は、税務の問題になります。

だから進め方としては、紙を残したまま先にスキャンだけ始めてみるのが安全だと思います。要件を完璧に理解してから始める必要はありません。半年ほどやってみて、運用が回り、置き場所も決まってから、そこで初めて紙を捨てるかどうかを決める。順番を逆にすると、いちばん手戻りできない決定を、いちばん何も分かっていない時点でやることになります。

捨てていいのは、読み取ってすぐ。ただし期限がある

では、捨てると決めた場合、いつ捨てられるのか。

答えは「読み取った直後」です。スキャンしたデータと紙を見比べて、中身が同じか、折れ曲がって読めなくなっていないかを確認する。これを国税庁は「最低限の同等確認」と呼んでいて、これさえ済めばその場で捨てて差し支えないとされています（問3）。定期的な検査を待つ必要はありません。以前あったその決まりは、令和3年度の改正でなくなりました。

ただし1つ条件があります。入力期間を過ぎてしまった書類は、データと一緒に紙も保存しなければいけません。 入力期間というのは、書類を受け取ってからスキャンするまでの猶予です。

最長では、国税関係書類の受領等から2か月とおおむね7営業日以内に入力すればよいこととなります。

同 問23

この「2か月」は、社内で決めた業務処理サイクルの長さです。月次でまとめて処理する会社なら1か月とおおむね7営業日、2か月サイクルなら2か月とおおむね7営業日。サイクルを決めていない場合は「速やかに」、つまりおおむね7営業日が目安になります。

実務でいうと、締めのタイミングでスキャンが漏れた書類だけ、紙で残るということです。全部を電子にしたつもりで、数枚だけ紙が残る。その数枚を捨ててしまうのがいちばんまずい失敗の形なので、漏れたものを分けて置く場所を先に決めておくといいと思います。

もう1つ、大きい紙の扱いがあります。読み取った紙がプリンタで出せるサイズに収まらない場合、以前は紙を残す必要がありました。令和5年度の改正で解像度・階調・大きさの情報を保存する要件が廃止され、いまは紙とデータの大きさが違っていても問題ないとされています（問3の注）。図面や大判の納品書を扱う会社は、ここが変わっています。

段ボールの中身は、少し違う話

ここまでは、これから受け取る書類の話です。すでに棚にある過去の紙は、扱いが別になります。

スキャナ保存を始める日より前に受け取っていた重要書類は「過去分重要書類」と呼ばれ、所轄の税務署長に適用届出書を出して、はじめてスキャナ保存の対象になります。出したあとは入力期間の制限がないので、数か月かけて少しずつスキャンしていけます（問54）。届出書を出さずに過去分をスキャンしても制度上のスキャナ保存にはならないので、紙のほうは捨てられません。

注意点として、同じ種類の書類について以前に届出書を出したことがあると、もう出せません。やめては出し直すことを繰り返して、実質的に期限なしでスキャンできる状態を作れないようにするためです。

そして、届出書を出すより先に確かめてほしいことがあります。その段ボールの中身、保存期間はもう過ぎていませんか。 過ぎているなら電子帳簿保存法の話ではなくなるので、そのまま捨てられます。法人の場合は原則7年（欠損金の繰越がある事業年度は10年）、個人事業の青色申告なら領収書などが7年、請求書や見積書は5年が目安です。棚を空けたいだけなら、制度を導入するより先に、この確認のほうが早く効きます。

捨てるために要るもの

紙を捨てる側を選ぶなら、そろえるものは大きく3つです。

• 読み取りの品質。解像度は25.4ミリメートルあたり200ドット（200dpi）以上、赤・緑・青それぞれ256階調以上のカラーで読み取ること。スマートフォンのカメラでも要件は満たせます。
• あとから直せないこと。タイムスタンプを付けるか、訂正や削除の履歴が残る（あるいは訂正・削除ができない）システムに保存すること。ここが実質的に「何を使うか」を決めます。
• 探し出せること。取引年月日・取引金額・取引先で検索できるようにしておくこと。

2つ目が、費用の分かれ目になります。撮るだけならスマートフォンで足りますが、撮った画像を共有フォルダに置くだけでは、あとから差し替えられてしまいます。「どこに置くか」がそのまま要件を満たすかどうかになります。共有フォルダに置いたファイルが人の手で増えていく問題そのものは、顧客管理のエクセル｜作り方と5つの安全管理措置で扱っています。

それと、契約書をスキャンするなら1つだけ気をつけてください。収入印紙を貼った契約書も、貼ってからスキャンして同等確認をすれば、紙は捨てて差し支えありません。ただし印紙税を払いすぎたときの還付は、原本を提示しないと受けられません。スキャンしたデータや、それを印刷したものでは通りません（問3）。金額の大きい契約書だけ紙を残す、という判断はありえます。なお、これから結ぶ契約を最初から電子にできるかどうかは、この制度ではなく契約ごとの法律で決まります。書面や公正証書が要る契約は契約書の電子化｜電子化できない契約の一覧と根拠で条文ごとに整理しました。

では、うちはどうするか

判断の分かれ目は、いま捨てたい紙が実際にあるかどうかだと思います。棚が3段埋まって置き場所に困っているなら、やる価値があります。事務所に余裕があって誰も困っていないなら、いまは紙のままでかまいません。スキャナ保存は義務ではないので、やらない判断が不利になることもありません。

ただし、やらないと決めた場合でも1つだけ残ります。メールやウェブからダウンロードした請求書・領収書は、印刷して紙で保存する形に置き換えられません。 こちらは選べる話ではないので、自社がどう保存しているかは確認しておいてください。

私たちデジタル屋さんは会計ソフトを売っていないので、「これを入れましょう」とは言いません。詰まりやすいのは要件のほうではなく、どの書類を、誰が、いつスキャンして、いつ捨てるのかを社内で決めるところかもしれません。制度を調べる人と、実際に手を動かす人と、捨てる判断をする人が別なので、決まらないまま止まってしまいます。その順番を決める段階だけを外から手伝う形でも承っています。

なお、スキャナ保存は紙で受け取った請求書の話です。自社が請求書を紙で出すのをやめて電子で送る側になる場合は、決めることが変わります。そちらは請求書の電子化｜紙をやめる前に決める3つにまとめています。

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この記事で参照した一次情報

• 国税庁「電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】」令和8年7月（問3・問9・問23・問54・問59・問63）　PDF
• 国税庁「電子帳簿保存法一問一答」索引ページ　https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/4-3.htm
• 国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト（スキャナ保存関係）」　https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/tokusetsu/03.htm